Uma noite logo antes das férias de verão, Daichi Manatsu, um aluno do segundo ano do ensino médio, vê um arco-íris estranho no céu acima da Ilha da Semente e vai verificar isso sozinho. Ele já viu esse arco-íris antes. Com as lembranças da morte misteriosa de seu pai e um encontro com um garoto e uma garota misteriosos, Daichi chega à ilha enquanto o alarma de um prédio chamado "Sistema da Terra" ...